Klaus Iohannis a participat, în perioada 25-26 februarie 2021, la reuniunea extraordinară a Consiliului European, în format de videoconferință. Liderii Uniunii Europene au pus în dezbatere și tema pașaportului de vaccinare, cu care Iohannis nu era de acord în luna ianuarie.
Unul dintre principalele subiecte abordate s-a referit la coordonarea Uniunii Europene (UE) în contextul pandemiei de COVID-19 și acțiunea în domeniul sănătății, cu accent pe lecțiile învățate din criza curentă, consolidarea rezilienței UE în domeniul sănătății și al managementului crizelor, în perspectiva creării unei Uniuni a Sănătății, precum și aspecte privind cooperarea internațională în domeniu. Liderii europeni au discutat, de asemenea, aspecte legate de securitate și apărare, cu accent pe cooperarea în domeniu la nivel UE și complementaritatea cu demersurile de la nivel internațional, precum și aspecte privind Vecinătatea Sudică a Uniunii.
Cancelarul german Angela Merkel a cerut Comisiei Europene să pregătească măsurile pentru implementarea pașapoartelor de vaccinare în trei luni, pentru ca cetățenii să poată călători liber în Uniunea Europeană. Klaus Iohannis s-a văzut astfel obligat să facă un pas înapoi și să fie de acord cu decizia cancelarului german cu toate că inițial s-a poziționat împotriva unei astfel de măsuri.
